พระราชบัญญัติวิทยาลัยครู พ.ศ. 2518 มีผลให้วิทยาลัยครูหมู่บ้านจอมบึง เกิดการเปลี่ยนแปลงบทบาทและโครงสร้างต่างๆ ตลอดจนการดำเนินการและการบริหารงาน มีการแบ่งส่วนราชการออกเป็น 4 หน่วยงานหลัก ประกอบด้วย
- สำนักงานอธิการ
- คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
- คณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์
- คณะครุศาสตร์
พระราชบัญญัติวิทยาลัยครู (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2527 ได้มีการจัดตั้งคณะวิทยาการจัดการ ส่วนสำนักงานอธิการ เป็นหน่วยงานมีฐานะเทียบเท่าคณะ ทำหน้าที่สนับสนุนการดำเนินงานของวิทยาลัยครู ให้ดำเนินไปได้ด้วยดี ต่อมามีการปรับเปลี่ยนสถานะของวิทยาลัยครูไปเป็นสถาบันราชภัฏ ตามพระราชบัญญัติสถาบันราชภัฏ พ.ศ. 2538 สำนักงานอธิการได้เปลี่ยนชื่อไปเป็นสำนักงานอธิการบดี และยังคงมีสถานภาพเทียบเท่าคณะ สถาบันราชภัฏหมู่บ้านจอมบึง ได้ปรับเปลี่ยนสถานะเป็นมหาวิทยาลัยราชภัฏหมู่บ้านจอมบึง ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏ พ.ศ. 2547 สำนักงานอธิการบดี ยังคงเป็นหน่วยงานหนึ่งในโครงสร้างของการแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยราชภัฏหมู่บ้านจอมบึง
ปี พ.ศ. 2548 มหาวิทยาลัยราชภัฏหมู่บ้านจอมบึง ได้รับการจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยตามกฎกระทรวงว่าด้วยการจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยราชภัฏ กระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2548 เมื่อวันที่ 1 มีนาคม 2548 ประกอบด้วย 9 หน่วยงาน ได้แก่
- สำนักงานอธิการบดี
- คณะครุศาสตร์
- คณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์
- คณะวิทยาการจัดการ
- คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
- สถาบันวิจัยและพัฒนา
- สำนักวิทยบริการและเทคโนโลยีสารสนเทศ
- สำนักศิลปะและวัฒนธรรม
- สำนักส่งเสริมวิชาการและงานทะเบียน
มีการแบ่งส่วนราชการภายในเป็น 3 กอง คือ กองกลาง กองนโยบายและแผน และกองพัฒนานักศึกษา ปฏิบัติภารกิจหน้าที่ทางด้านบริหารจัดการสนับสนุนงานวิชาการของมหาวิทยาลัยให้สามารถปฏิบัติ ได้สัมฤทธิผลและบรรลุเป้าหมายตามภารกิจแห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏ พ.ศ. 2547 และพระราชบัญญัติระเบียบข้าราชการพลเรือนในสถาบันอุดมศึกษา พ.ศ. 2547 จะมีวาระอยู่ใน ตำแหน่ง 4 ปี